科研工作者發現參與土壤微生物C-糖苷代謝的糖苷3-氧化酶的機理
發布時間:2023-11-15 瀏覽次數:830次
科研工作者發現參與土壤微生物C-糖苷代謝的糖苷3-氧化酶的機理
近日,科學家們對C-糖苷的生物轉化與分解代謝過程有了新的發現,這一成果對于更好地理解自然界中頑固性C-糖苷的降解過程,以及為制藥、農業和食品工業提供新的應用前景具有重大意義。
C-糖苷代表了一大類天然產物,其中葡萄糖的異構碳通過碳-碳鍵直接連接到苷元部分。這些化合物是由植物和微生物產生的次生代謝產物,具有很大的結構多樣性、廣泛的天然分布和顯著的生物活性。其中,葛根苷(黃豆苷元8-C-β-D-葡萄糖苷)等幾種C-糖苷類藥物已成為臨床藥物的前體,并且生物技術策略已經優化,可通過異源表達系統大規模生產植物C-糖苷。
然而,C-糖苷的化學和酶處理的穩定性極高,因此,其生物轉化與分解代謝過程一直被認為是非常困難的問題。過去十年中,科學家們已經確定了將C-糖苷生物轉化為具有有益健康影響的糖苷元的腸道微生物群。然而,最近的研究發現,自然界中普遍存在C-C鍵斷裂反應的過程。與其他糖苷相比,C-糖苷對化學和酶處理的穩定性要高得多。正因為如此,C-糖苷不會被糖苷水解酶(即所謂的糖苷酶)去糖基化。相反,它們的微生物分解代謝途徑包括催化氧化步驟的酶,然后是C-C鍵斷裂。
來自土壤細菌的G3Ox,例如Microbacterium sp. 5-2b CarA、Arthrobacter globiformis NBRC12137 AgCarA和Microbacterium trichothecenolyticum NBRC15077 MtCarA不表現出可檢測的葡萄糖活性,而是在C6處氧化C-糖苷,如胭脂酸、芒果苷和C3-糖基化類黃酮,以及O-糖苷,但速率顯著降低,形成相應的3-酮糖苷。在來自犬鏈霉菌的細菌ScP2Ox中觀察到類似的底物偏好,與單糖相比,其對C-糖苷葛根素氧化的酶活性高100至1000倍。
這一研究發現了一種新的氧化糖部分C3的C-糖苷-3-氧化酶的初始氧化步驟是由腸道微生物中的NAD(H)厭氧氧化還原酶催化的。后一種酶與吡喃糖氧化酶(POx,吡喃糖:氧60-氧化還原酶;EC 2.1.1.3)來自葡萄糖-甲醇-膽堿(GMC)酶超家族。來自POx家族的FAD依賴性G3Oxs是在C2位置氧化葡萄糖的酶的祖先,即吡喃糖2-氧化酶(P2Oxs)。真菌P2Oxs很可能是通過細菌的水平基因轉移獲得的,并且可能隨著時間的推移而進化和特化,以氧化木質纖維素衍生的糖,如d-葡萄糖、d-木糖或D-半乳糖。真菌P2Ox分泌到細胞外空間,參與木材腐爛和回收。它們是研究最廣泛的POx,特別是來自Tramete multicolor、Peniophora sp和Phanerochaete chrysosporium。它們包括一個高度保守的黃素結合結構域和一個底物結合結構域,該結構域具有FAD共價結合的Rossman樣折疊。P2Ox是同源四聚體,對活性位點的訪問受到四個通道的限制,這些通道將底物從酶表面路由到活性位點腔。細菌G3Ox、MtCarA和ScP2Ox的結構表征揭示了這些酶的一些結構和功能方面。然而,仍然存在許多基本問題,特別是不同底物特異性背后的機制。
這一新研究主要關注了C-糖苷在腸道微生物群中的生物轉化與分解代謝過程。然而,自然界中仍有許多關于這一過程的未解之謎。未來的研究將進一步探索這一過程中的詳細機制,包括微生物群落的組成、代謝途徑、以及與環境因素的相互作用等。此外,對于這些關鍵分解代謝酶的催化機制及其在自然界中的進化和特化過程仍需深入探討。這些研究將有助于我們更好地理解自然界中頑固性C-糖苷的降解過程,并可能為制藥、農業和食品工業提供新的應用前景。
近日,科學家們對C-糖苷的生物轉化與分解代謝過程有了新的發現,這一成果對于更好地理解自然界中頑固性C-糖苷的降解過程,以及為制藥、農業和食品工業提供新的應用前景具有重大意義。
C-糖苷代表了一大類天然產物,其中葡萄糖的異構碳通過碳-碳鍵直接連接到苷元部分。這些化合物是由植物和微生物產生的次生代謝產物,具有很大的結構多樣性、廣泛的天然分布和顯著的生物活性。其中,葛根苷(黃豆苷元8-C-β-D-葡萄糖苷)等幾種C-糖苷類藥物已成為臨床藥物的前體,并且生物技術策略已經優化,可通過異源表達系統大規模生產植物C-糖苷。
然而,C-糖苷的化學和酶處理的穩定性極高,因此,其生物轉化與分解代謝過程一直被認為是非常困難的問題。過去十年中,科學家們已經確定了將C-糖苷生物轉化為具有有益健康影響的糖苷元的腸道微生物群。然而,最近的研究發現,自然界中普遍存在C-C鍵斷裂反應的過程。與其他糖苷相比,C-糖苷對化學和酶處理的穩定性要高得多。正因為如此,C-糖苷不會被糖苷水解酶(即所謂的糖苷酶)去糖基化。相反,它們的微生物分解代謝途徑包括催化氧化步驟的酶,然后是C-C鍵斷裂。
來自土壤細菌的G3Ox,例如Microbacterium sp. 5-2b CarA、Arthrobacter globiformis NBRC12137 AgCarA和Microbacterium trichothecenolyticum NBRC15077 MtCarA不表現出可檢測的葡萄糖活性,而是在C6處氧化C-糖苷,如胭脂酸、芒果苷和C3-糖基化類黃酮,以及O-糖苷,但速率顯著降低,形成相應的3-酮糖苷。在來自犬鏈霉菌的細菌ScP2Ox中觀察到類似的底物偏好,與單糖相比,其對C-糖苷葛根素氧化的酶活性高100至1000倍。
這一研究發現了一種新的氧化糖部分C3的C-糖苷-3-氧化酶的初始氧化步驟是由腸道微生物中的NAD(H)厭氧氧化還原酶催化的。后一種酶與吡喃糖氧化酶(POx,吡喃糖:氧60-氧化還原酶;EC 2.1.1.3)來自葡萄糖-甲醇-膽堿(GMC)酶超家族。來自POx家族的FAD依賴性G3Oxs是在C2位置氧化葡萄糖的酶的祖先,即吡喃糖2-氧化酶(P2Oxs)。真菌P2Oxs很可能是通過細菌的水平基因轉移獲得的,并且可能隨著時間的推移而進化和特化,以氧化木質纖維素衍生的糖,如d-葡萄糖、d-木糖或D-半乳糖。真菌P2Ox分泌到細胞外空間,參與木材腐爛和回收。它們是研究最廣泛的POx,特別是來自Tramete multicolor、Peniophora sp和Phanerochaete chrysosporium。它們包括一個高度保守的黃素結合結構域和一個底物結合結構域,該結構域具有FAD共價結合的Rossman樣折疊。P2Ox是同源四聚體,對活性位點的訪問受到四個通道的限制,這些通道將底物從酶表面路由到活性位點腔。細菌G3Ox、MtCarA和ScP2Ox的結構表征揭示了這些酶的一些結構和功能方面。然而,仍然存在許多基本問題,特別是不同底物特異性背后的機制。
這一新研究主要關注了C-糖苷在腸道微生物群中的生物轉化與分解代謝過程。然而,自然界中仍有許多關于這一過程的未解之謎。未來的研究將進一步探索這一過程中的詳細機制,包括微生物群落的組成、代謝途徑、以及與環境因素的相互作用等。此外,對于這些關鍵分解代謝酶的催化機制及其在自然界中的進化和特化過程仍需深入探討。這些研究將有助于我們更好地理解自然界中頑固性C-糖苷的降解過程,并可能為制藥、農業和食品工業提供新的應用前景。